Joseph Hubertus Pilates nasceu em 1880 na Alemanha. Na infância, sua saúde foi frágil, sofreu de asma, bronquite, raquitismo e febre reumática.

Quando era adolescente, limpava o jardim de um vizinho que possuía uma biblioteca, em troca de desfrutar dela. Devido a uma saúde fraca na infância e à sede de conhecimentos, tornou-se autodidata aprofundando seus conhecimentos em anatomia, física, biologia, fisiologia, medicina oriental e acidental. O Método teve influência desde o yoga, artes marciais, estudo do movimento dos animais, defesa pessoal, e exercícios circenses.

Em 1916, durante a 1ªgerra mundial, foi confinado, por ser considerado de cidadania inimiga, onde começou a desenvolver suas ideias, depois foi transferido para um campo de concentração, onde se tornou enfermeiro e vigia. Então começou a reabilitar os pacientes acamados com molas velhas de colchões e cordas, início do desenvolvimento dos primeiros equipamentos do método.

Em 1918 houve uma epidemia do vírus Influenza (gripe espanhola) dizimando milhares de ingleses e nenhum dos internos (enfermos) sob seu treinamento foram infectados. Anos depois, Pilates atribuiu a sobrevivência dos prisioneiros à epidemia a execução dos exercícios, beneficiando sua saúde, embora não existissem comprovações científicas na época. 

Finalizada a guerra, retornou à Alemanha, onde continuou a desenvolver seu método, trabalhou como treinador para força policial da Alemanha.

Em 1923 foi para Nova York e montou seu primeiro estúdio, com grande sucesso entre os bailarinos e atletas, evitando e tratando lesões.

Editou dois livros: 1: Your Health – compêndio de filosofia – 1934; 2: Return to Life Through Contrology – exercícios no colchonete – 1945, com colaboração de seu amigo Willian John Miller.

Joseph Pilates faleceu, em 1967 com 87 anos, em consequência de um incêndio na sua academia, na tentativa de salvar seus equipamentos.

Nos anos 60, estudiosos de Pilates abriram seus próprios estúdios, hoje disseminados no mundo inteiro.